När tyskarna under andra världskriget minerade kraftigt utanför Falsterbonäset beslutade staten 1939 att en kanal skulle anläggas för att säkra kusttrafiken.

Den 1 augusti 1941 passerade den första båten genom kanalen. Mårten Dahn lade dock 1884 fram en motion i riksdagen om att bygga en kanal, för att fartyg skulle slippa passera Falsterborev. 1896 började också fiskare i Skanör att själva bygga en kanal, men det blev för svårt.

Kanalen innehåller en sluss som kan stängas för att förhindra ett allt för stort flöde genom kanalen när skillnaden i vattenstånd i de båda haven är för stor.
Kanalens första bro transporterades från Köpenhamn och gick under namnet "Knippelsbron". Den 4 oktober 1940 trädde den i funktion.

Genom kanalen passerar idag ingen tung trafik, och den fungerar i praktiken som en småbåtshamn. Tidigare har dock Bornholmsfärjan på sin väg mellan Köpenhamn och Rönne på Bornholm passerat Falsterbokanalen. Eftersom djupgåendet i kanalen har minskat från 6,7 meter till fem meter kan numera inte längre stora fartyg över 5000 ton passera, därför passerar dessa fartyg numera runt Falsterborev.

1991 byggdes en ny bro som ersättning till den gamla träbron, i samband med att länsväg 100 byggdes om till att gå norr om Höllviken istället för genom byn.
Bron över kanalen öppnades tidigare vid behov, och efter kanalmästarens omdöme, men har på senare år fått ett fast tidsschema för öppningar.